Ingénieure en biotechnologie, Emmanuelle Quilès a débuté sa carrière comme attachée de recherche clinique chez Rhône-Poulenc (1990), puis chez Pierre Fabre (1993) et Genetics Institute (1995), société rachetée par Wyeth. Elle a occupé différentes fonctions avant d’être nommée responsable de la franchise Business Unit Rhumatologie et Dermatologie, puis PDG de Wyeth France en novembre 2007. Après l’acquisition de Wyeth par Pfizer, elle est confirmée en tant que présidente de Pfizer France. Elle quitte Pfizer en décembre 2012 pour monter Harmonium, une startup européenne spécialisée en diabétologie. Emmanuelle Quilès a été nommée présidente de Janssen France en janvier 2015. Elle est membre du conseil d’administration de l’organisation professionnelle Les entreprises du médicament (Leem).